Hi Wolfram,

in my hands and to my surprise, PHENIX atom selections such as "protein" or "peptide" would include a co-factor like SAM. Did others notice that also? Is this behavior what most users would want or even expect?

to identify protein it uses common protein names: "GLY", "ALA", "VAL", "LEU", "ILE", "MET", "MSE", "PRO", "PHE", "TRP", "SER", "THR", "ASN", "GLN", "TYR", "CYS", "LYS", "ARG", "HIS", "ASP", "GLU", and modified protein names: "02K", // parent is ALA "02O", "02Y", "0CS", "0FL", "0NC", "175", "1AC", "1L1", "1PI", "23P", "2AG", "2RA", "33W", "3GA", "3WS", "4U7", "4WQ", "5AB", "5OH", "6GL", "AA4", "ABA", "AHO", "AHP", "AIB", "ALC", "ALN", "ALS", "AN8", "AYA", "AZH", "B2A", "B3A", "BP5", "C22", "CLV", "CRX", "CWD", "DAB", "DBZ", "DDZ", "DNP", "DNW", "DPP", "FB5", "FB6", "FLA", "HQA", "IAM", "KNB", "LAL", "MA", "MAA", "MDO", "NA8", "NAL", "NCB", "NPI", "ONH", "ORN", "PIA", "PYA", "S2P", "SE7", "TIH", "UM1", "UM2", "UMA", "X9Q", "XW1", "Z01", "ZZJ", "0AR", // parent is ARG "0X9", "2MR", "2OR", "4AR", "9NR", "AAR", "AGM", "AR2", "ARM", "BOR", "CIR", "DA2", "DIR", "FIO", "HAR", "HMR", "HR7", "HRG", "IAR", "IOR", "MGG", "MMO", "MYN", "NMM", "NNH", "ORQ", "RGL", "THZ", "VR0", "02L", // parent is ASN "823", "9DN", "A5N", "AFA", "AHB", "AS7", "DMH", "MEN", "NYG", "SD4", "XSN", "0A0", // parent is ASP "0AK", "0TD", "999", "AEI", "ASA", "ASB", "ASL", "BFD", "BH2", "BHD", "D2T", "DMK", "DYG", "LAA", "OHS", "OXX", "PHD", "SIC", "SUI", "TAV", "XYG", "03Y", // parent is CYS "07O", "0A8", "0QL", "2CO", "2XA", "30V", "31Q", "3X9", "4GJ", "5CS", "AGT", "BB6", "BB7", "BB9", "BBC", "BCS", "BCX", "BPE", "BUC", "C1T", "C3Y", "C4R", "C5C", "C6C", "CAF", "CAS", "CCS", "CCY", "CGV", "CME", "CMH", "CML", "CMT", "CS1", "CS3", "CS4", "CSA", "CSB", "CSD", "CSJ", "CSO", "CSP", "CSR", "CSS", "CSU", "CSX", "CSZ", "CY0", "CY1", "CY3", "CY4", "CYD", "CYF", "CYG", "CYQ", "CYR", "CYW", "CZ2", "CZZ", "DC2", "DYS", "ECX", "EFC", "FFM", "FOE", "GT9", "GYC", "HCM", "HNC", "HTI", "ICY", "JJJ", "JJK", "JJL", "K1R", "M0H", "MCS", "MD3", "MD5", "NPH", "NYB", "NYS", "OCS", "OCY", "P1L", "PBB", "PEC", "PR3", "PYX", "QCS", "QPA", "R1A", "S2C", "SAH", "SCH", "SCS", "SCY", "SHC", "SIB", "SMC", "SNC", "SOC", "SYS", "TNB", "TQZ", "TSY", "XCN", "YCM", "ZZD", "08P", // parent is DCY "QDS", // parent is DSN "UDS", "XDT", // parent is DTH "CRQ", // parent is GLN "ECC", "GHG", "GNC", "LMQ", "MEQ", "MGN", "NLQ", "QFG", "QLG", "QMM", "11W", // parent is GLU "3GL", "3O3", "9NE", "AR4", "CGA", "CGU", "CRU", "EME", "G01", "G8M", "GAU", "GHC", "GHW", "GLJ", "GMA", "GME", "GSU", "LME", "MEG", "PCA", "X2W", "3XH", // parent is GLY "4F3", "5PG", "9DS", "CHP", "CJO", "CQ2", "CR2", "CR5", "CZO", "FGL", "GEE", "GLZ", "GSC", "HGY", "I4G", "IGL", "LPG", "LVG", "M30", "MD6", "MEU", "MFC", "MPQ", "NLY", "NMC", "PRV", "SAR", "SHP", "UGY", "WCR", "2HF", // parent is HIS "2SO", "3AH", "3ZH", "B3U", "CR8", "DDE", "HBN", "HHI", "HIA", "HIC", "HIP", "HIQ", "HS8", "HS9", "HSK", "HSO", "HSV", "IEY", "MHS", "NEP", "NZH", "OHI", "OLD", "OYL", "PSH", "PVH", "RC7", "Z70", "7JA", // parent is ILE "B2I", "BIU", "I2M", "IIL", "ILM", "ILX", "IML", "OIM", "QIL", "TS9", "0AG", // parent is LEU "2ML", "AN6", "BL2", "BLE", "DON", "EXY", "FLE", "HL2", "HLU", "L3O", "LED", "LEF", "LEH", "LEN", "LNE", "LNM", "MHL", "MK8", "MLE", "MLL", "MNL", "NLB", "NLE", "NLN", "NLO", "NLP", "NOT", "NRP", "WLU", "2KK", // parent is LYS "2KP", "3QN", "4AK", "6CL", "6HN", "ALY", "API", "APK", "AZK", "BLY", "BTK", "C1X", "CLG", "CLH", "CR7", "CYJ", "DLS", "DM0", "DNL", "DNS", "ELY", "FAK", "FDL", "FH7", "FHL", "FHO", "FZN", "GPL", "I58", "IEL", "IT1", "KBE", "KCR", "KCX", "KFP", "KGC", "KPI", "KPY", "KST", "KYQ", "L5P", "LA2", "LBY", "LCK", "LDH", "LET", "LGY", "LLO", "LLP", "LLY", "LLZ", "LMF", "LP6", "LRK", "LSO", "LYF", "LYN", "LYR", "LYU", "LYX", "LYZ", "M2L", "M3L", "M3R", "MCL", "ML3", "MLY", "MLZ", "MYK", "OBS", "PE1", "PRK", "SHR", "SLL", "SLZ", "TLY", "VB1", "XX1", "2FM", // parent is MET "4CY", "CH6", "CRK", "CXM", "EYG", "FME", "IZO", "KOR", "M2S", "ME0", "MHO", "MME", "MSE", "MSL", "MSO", "MT2", "NRQ", "OMT", "SME", "0A9", // parent is PHE "0BN", "1PA", "200", "23F", "33S", "3CF", "4AF", "4CF", "4OU", "4PH", "9NF", "B2F", "BB8", "BIF", "BNN", "CFY", "DAH", "F2F", "FC0", "FCL", "H14", "HOX", "HPE", "HPQ", "MEA", "MHU", "NFA", "OFM", "PBF", "PCS", "PF5", "PFF", "PHA", "PHI", "PHL", "PM3", "PPN", "QPH", "SMF", "T11", "TEF", "TFQ", "U3X", "WFP", "WPA", "ZCL", "037", // parent is PRO "04U", "04V", "05N", "0LF", "0Y8", "11Q", "12L", "12X", "12Y", "2MT", "2P0", "3PX", "3WX", "4FB", "4KY", "4L0", "DPL", "FP9", "FPK", "H5M", "HY3", "HYP", "HZP", "LPD", "LWY", "MP8", "N7P", "N80", "P2Y", "PH6", "PLJ", "POM", "PR4", "PR7", "PR9", "PRJ", "PRS", "PXU", "RT0", "TPJ", "TPK", "VH0", "XPR", "YPR", "ZYJ", "ZYK", "XPL", // parent is PYL "30F", // parent is SEC "PSW", "UOX", "0AH", // parent is SER "1X6", "2JG", "2RX", "2ZC", "4OV", "4OZ", "8SP", "AZS", "BG1", "BSE", "CSH", "CWR", "DBS", "DHA", "FGP", "GFT", "GVL", "GYS", "HSE", "HSL", "IIC", "LPS", "MH6", "MIR", "MIS", "N10", "NC1", "OAS", "OLZ", "OMH", "OSE", "PG1", "RVX", "RZ4", "S12", "SAC", "SBL", "SDB", "SDP", "SEB", "SEE", "SEL", "SEM", "SEN", "SEP", "SET", "SGB", "SOY", "SRZ", "SUN", "SVA", "SVV", "SVW", "SVX", "SVY", "SVZ", "SWG", "SXE", "TIS", "TNR", "UF0", "0E5", // parent is THR "26B", "28X", "2QZ", "4NT", "4NU", "5ZA", "ALO", "B27", "BMT", "C12", "C99", "CQ1", "CR0", "CRF", "CRG", "CRO", "CTH", "DBU", "KWS", "NZC", "OTH", "TH5", "TH6", "THC", "TMD", "TNY", "TPO", "XXY", "YTH", "Z3E", "ZU0", "0AF", // parent is TRP "1TQ", "4AW", "4DP", "4FW", "4HT", "4IN", "5CW", "6CW", "CTE", "FT6", "FTR", "HRP", "HT7", "HTR", "KYN", "PAT", "R4K", "RE0", "RE3", "TCR", "TOQ", "TOX", "TPL", "TQI", "TQQ", "TRN", "TRO", "TRQ", "TRW", "TRX", "TRY", "TTQ", "WRP", "0A1", // parent is TYR "0EA", "0WZ", "0YG", "1OP", "1TY", "2LT", "2R3", "2TY", "3CT", "3MY", "3NF", "3YM", "4HL", "4LZ", "AGQ", "AZY", "BYR", "DBY", "DI7", "DPQ", "ESB", "FTY", "IYR", "MBQ", "MDF", "NBQ", "NIY", "NTR", "OMX", "OMY", "P2Q", "P3Q", "PAQ", "PTH", "PTM", "PTR", "T0I", "TCQ", "TPQ", "TTS", "TXY", "TY1", "TY2", "TY5", "TY8", "TY9", "TYB", "TYI", "TYJ", "TYN", "TYO", "TYQ", "TYS", "TYT", "TYY", "U2X", "YPZ", "0AB", // parent is VAL "2VA", "34E", "9NV", "A8E", "B2V", "FVA", "HVA", "LE1", "LVN", "MVA", "NVA", "TBG", "VAD", "VAH", "WVL", This does not include SAM. What is SAM, after all? Pavel

Hi Wolfram, I believe this is because Phenix (like most packages) uses a heuristic definition of "peptide" that's flexible enough to capture modified amino acids (even novel ones) - basically, anything that contains the canonical amino acid backbone (as SAM does) is captured. Cheers, Tristan Tristan Croll Research Fellow Cambridge Institute for Medical Research University of Cambridge CB2 0XY

On 3 Feb 2017, at 19:42, wtempel wrote:

Hello all, in my hands and to my surprise, PHENIX atom selections such as "protein" or "peptide" would include a co-factor like SAM. Did others notice that also? Is this behavior what most users would want or even expect? Best regards. Wolfram Tempel _______________________________________________ phenixbb mailing list [email protected] http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb Unsubscribe: [email protected]