Hi Wolfram,
in my hands and to my surprise, PHENIX atom selections such as "protein" or "peptide" would include a co-factor like SAM. Did others notice that also? Is this behavior what most users would want or even expect?
to identify protein it uses common protein names: "GLY", "ALA", "VAL", "LEU", "ILE", "MET", "MSE", "PRO", "PHE", "TRP", "SER", "THR", "ASN", "GLN", "TYR", "CYS", "LYS", "ARG", "HIS", "ASP", "GLU", and modified protein names: "02K", // parent is ALA "02O", "02Y", "0CS", "0FL", "0NC", "175", "1AC", "1L1", "1PI", "23P", "2AG", "2RA", "33W", "3GA", "3WS", "4U7", "4WQ", "5AB", "5OH", "6GL", "AA4", "ABA", "AHO", "AHP", "AIB", "ALC", "ALN", "ALS", "AN8", "AYA", "AZH", "B2A", "B3A", "BP5", "C22", "CLV", "CRX", "CWD", "DAB", "DBZ", "DDZ", "DNP", "DNW", "DPP", "FB5", "FB6", "FLA", "HQA", "IAM", "KNB", "LAL", "MA", "MAA", "MDO", "NA8", "NAL", "NCB", "NPI", "ONH", "ORN", "PIA", "PYA", "S2P", "SE7", "TIH", "UM1", "UM2", "UMA", "X9Q", "XW1", "Z01", "ZZJ", "0AR", // parent is ARG "0X9", "2MR", "2OR", "4AR", "9NR", "AAR", "AGM", "AR2", "ARM", "BOR", "CIR", "DA2", "DIR", "FIO", "HAR", "HMR", "HR7", "HRG", "IAR", "IOR", "MGG", "MMO", "MYN", "NMM", "NNH", "ORQ", "RGL", "THZ", "VR0", "02L", // parent is ASN "823", "9DN", "A5N", "AFA", "AHB", "AS7", "DMH", "MEN", "NYG", "SD4", "XSN", "0A0", // parent is ASP "0AK", "0TD", "999", "AEI", "ASA", "ASB", "ASL", "BFD", "BH2", "BHD", "D2T", "DMK", "DYG", "LAA", "OHS", "OXX", "PHD", "SIC", "SUI", "TAV", "XYG", "03Y", // parent is CYS "07O", "0A8", "0QL", "2CO", "2XA", "30V", "31Q", "3X9", "4GJ", "5CS", "AGT", "BB6", "BB7", "BB9", "BBC", "BCS", "BCX", "BPE", "BUC", "C1T", "C3Y", "C4R", "C5C", "C6C", "CAF", "CAS", "CCS", "CCY", "CGV", "CME", "CMH", "CML", "CMT", "CS1", "CS3", "CS4", "CSA", "CSB", "CSD", "CSJ", "CSO", "CSP", "CSR", "CSS", "CSU", "CSX", "CSZ", "CY0", "CY1", "CY3", "CY4", "CYD", "CYF", "CYG", "CYQ", "CYR", "CYW", "CZ2", "CZZ", "DC2", "DYS", "ECX", "EFC", "FFM", "FOE", "GT9", "GYC", "HCM", "HNC", "HTI", "ICY", "JJJ", "JJK", "JJL", "K1R", "M0H", "MCS", "MD3", "MD5", "NPH", "NYB", "NYS", "OCS", "OCY", "P1L", "PBB", "PEC", "PR3", "PYX", "QCS", "QPA", "R1A", "S2C", "SAH", "SCH", "SCS", "SCY", "SHC", "SIB", "SMC", "SNC", "SOC", "SYS", "TNB", "TQZ", "TSY", "XCN", "YCM", "ZZD", "08P", // parent is DCY "QDS", // parent is DSN "UDS", "XDT", // parent is DTH "CRQ", // parent is GLN "ECC", "GHG", "GNC", "LMQ", "MEQ", "MGN", "NLQ", "QFG", "QLG", "QMM", "11W", // parent is GLU "3GL", "3O3", "9NE", "AR4", "CGA", "CGU", "CRU", "EME", "G01", "G8M", "GAU", "GHC", "GHW", "GLJ", "GMA", "GME", "GSU", "LME", "MEG", "PCA", "X2W", "3XH", // parent is GLY "4F3", "5PG", "9DS", "CHP", "CJO", "CQ2", "CR2", "CR5", "CZO", "FGL", "GEE", "GLZ", "GSC", "HGY", "I4G", "IGL", "LPG", "LVG", "M30", "MD6", "MEU", "MFC", "MPQ", "NLY", "NMC", "PRV", "SAR", "SHP", "UGY", "WCR", "2HF", // parent is HIS "2SO", "3AH", "3ZH", "B3U", "CR8", "DDE", "HBN", "HHI", "HIA", "HIC", "HIP", "HIQ", "HS8", "HS9", "HSK", "HSO", "HSV", "IEY", "MHS", "NEP", "NZH", "OHI", "OLD", "OYL", "PSH", "PVH", "RC7", "Z70", "7JA", // parent is ILE "B2I", "BIU", "I2M", "IIL", "ILM", "ILX", "IML", "OIM", "QIL", "TS9", "0AG", // parent is LEU "2ML", "AN6", "BL2", "BLE", "DON", "EXY", "FLE", "HL2", "HLU", "L3O", "LED", "LEF", "LEH", "LEN", "LNE", "LNM", "MHL", "MK8", "MLE", "MLL", "MNL", "NLB", "NLE", "NLN", "NLO", "NLP", "NOT", "NRP", "WLU", "2KK", // parent is LYS "2KP", "3QN", "4AK", "6CL", "6HN", "ALY", "API", "APK", "AZK", "BLY", "BTK", "C1X", "CLG", "CLH", "CR7", "CYJ", "DLS", "DM0", "DNL", "DNS", "ELY", "FAK", "FDL", "FH7", "FHL", "FHO", "FZN", "GPL", "I58", "IEL", "IT1", "KBE", "KCR", "KCX", "KFP", "KGC", "KPI", "KPY", "KST", "KYQ", "L5P", "LA2", "LBY", "LCK", "LDH", "LET", "LGY", "LLO", "LLP", "LLY", "LLZ", "LMF", "LP6", "LRK", "LSO", "LYF", "LYN", "LYR", "LYU", "LYX", "LYZ", "M2L", "M3L", "M3R", "MCL", "ML3", "MLY", "MLZ", "MYK", "OBS", "PE1", "PRK", "SHR", "SLL", "SLZ", "TLY", "VB1", "XX1", "2FM", // parent is MET "4CY", "CH6", "CRK", "CXM", "EYG", "FME", "IZO", "KOR", "M2S", "ME0", "MHO", "MME", "MSE", "MSL", "MSO", "MT2", "NRQ", "OMT", "SME", "0A9", // parent is PHE "0BN", "1PA", "200", "23F", "33S", "3CF", "4AF", "4CF", "4OU", "4PH", "9NF", "B2F", "BB8", "BIF", "BNN", "CFY", "DAH", "F2F", "FC0", "FCL", "H14", "HOX", "HPE", "HPQ", "MEA", "MHU", "NFA", "OFM", "PBF", "PCS", "PF5", "PFF", "PHA", "PHI", "PHL", "PM3", "PPN", "QPH", "SMF", "T11", "TEF", "TFQ", "U3X", "WFP", "WPA", "ZCL", "037", // parent is PRO "04U", "04V", "05N", "0LF", "0Y8", "11Q", "12L", "12X", "12Y", "2MT", "2P0", "3PX", "3WX", "4FB", "4KY", "4L0", "DPL", "FP9", "FPK", "H5M", "HY3", "HYP", "HZP", "LPD", "LWY", "MP8", "N7P", "N80", "P2Y", "PH6", "PLJ", "POM", "PR4", "PR7", "PR9", "PRJ", "PRS", "PXU", "RT0", "TPJ", "TPK", "VH0", "XPR", "YPR", "ZYJ", "ZYK", "XPL", // parent is PYL "30F", // parent is SEC "PSW", "UOX", "0AH", // parent is SER "1X6", "2JG", "2RX", "2ZC", "4OV", "4OZ", "8SP", "AZS", "BG1", "BSE", "CSH", "CWR", "DBS", "DHA", "FGP", "GFT", "GVL", "GYS", "HSE", "HSL", "IIC", "LPS", "MH6", "MIR", "MIS", "N10", "NC1", "OAS", "OLZ", "OMH", "OSE", "PG1", "RVX", "RZ4", "S12", "SAC", "SBL", "SDB", "SDP", "SEB", "SEE", "SEL", "SEM", "SEN", "SEP", "SET", "SGB", "SOY", "SRZ", "SUN", "SVA", "SVV", "SVW", "SVX", "SVY", "SVZ", "SWG", "SXE", "TIS", "TNR", "UF0", "0E5", // parent is THR "26B", "28X", "2QZ", "4NT", "4NU", "5ZA", "ALO", "B27", "BMT", "C12", "C99", "CQ1", "CR0", "CRF", "CRG", "CRO", "CTH", "DBU", "KWS", "NZC", "OTH", "TH5", "TH6", "THC", "TMD", "TNY", "TPO", "XXY", "YTH", "Z3E", "ZU0", "0AF", // parent is TRP "1TQ", "4AW", "4DP", "4FW", "4HT", "4IN", "5CW", "6CW", "CTE", "FT6", "FTR", "HRP", "HT7", "HTR", "KYN", "PAT", "R4K", "RE0", "RE3", "TCR", "TOQ", "TOX", "TPL", "TQI", "TQQ", "TRN", "TRO", "TRQ", "TRW", "TRX", "TRY", "TTQ", "WRP", "0A1", // parent is TYR "0EA", "0WZ", "0YG", "1OP", "1TY", "2LT", "2R3", "2TY", "3CT", "3MY", "3NF", "3YM", "4HL", "4LZ", "AGQ", "AZY", "BYR", "DBY", "DI7", "DPQ", "ESB", "FTY", "IYR", "MBQ", "MDF", "NBQ", "NIY", "NTR", "OMX", "OMY", "P2Q", "P3Q", "PAQ", "PTH", "PTM", "PTR", "T0I", "TCQ", "TPQ", "TTS", "TXY", "TY1", "TY2", "TY5", "TY8", "TY9", "TYB", "TYI", "TYJ", "TYN", "TYO", "TYQ", "TYS", "TYT", "TYY", "U2X", "YPZ", "0AB", // parent is VAL "2VA", "34E", "9NV", "A8E", "B2V", "FVA", "HVA", "LE1", "LVN", "MVA", "NVA", "TBG", "VAD", "VAH", "WVL", This does not include SAM. What is SAM, after all? Pavel