But why should she get nice fit in the electron density? Or is it a negative density?<br>Best, Partha<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/10/07, <b class="gmail_sendername">Claudia Scotti</b> &lt;<a href="mailto:claudiascotti@hotmail.com">
claudiascotti@hotmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>Dear William,<br><br>Many thanks for your two messages.
<br><br>I checked the cif file, but the loop you refer to seems in place already (see below).<br><br>Mmhhh... There&#39;s something odd, then...<br><br>Thanks a lot,<br><br>Claudia<br><br><br><br>---------------<br># electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
<br>#&nbsp;&nbsp; - a module of PHENIX version 1.3b (Mon Jun&nbsp;&nbsp;6 22:55:00 2007)<br>#&nbsp;&nbsp; - file written: Thu Aug&nbsp;&nbsp;2 14:49:23 2007<br>#<br>#&nbsp;&nbsp; Input file: segid-2.pdb<br>#&nbsp;&nbsp; Residue: PHX<br>#<br>data_comp_list<br>loop_<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp.id
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp.three_letter_code<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp.name<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp.group<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp.number_atoms_all<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp.number_atoms_nh<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp.desc_level<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;PHX &#39;Unknown&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&#39; ligand 22 13 .
<br>#<br>data_comp_PHX<br>#<br>loop_<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.comp_id<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.atom_id<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.type_symbol<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.type_energy<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.partial_charge<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.x
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.y<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_atom.z<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR16&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;13.9538&nbsp;&nbsp;-10.3993&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.8808<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAB&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR16&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.0367&nbsp;&nbsp;-11.4813&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7.0721<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAM&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR16&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.9147
&nbsp;&nbsp;-12.5028&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8.2295<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAQ&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR16&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;13.7050&nbsp;&nbsp;-12.4381&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9.1959<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAR&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR16&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;12.6223&nbsp;&nbsp;-11.3562&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9.0050<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAN&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR6&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;12.7430&nbsp;&nbsp;-10.3358&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7.8459<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAO&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR5&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
11.6707&nbsp;&nbsp; -9.2579&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7.6598<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAD&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;10.4286&nbsp;&nbsp; -9.3881&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.8360<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OAS&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;11.6809&nbsp;&nbsp; -7.9102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8.2672<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAT&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR5&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;10.4761&nbsp;&nbsp; -7.2253&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7.8562
<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OAU&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp; OH1&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;10.1162&nbsp;&nbsp; -5.9143&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8.1993<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAE&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CR5&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.6961&nbsp;&nbsp; -8.1577&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.9389<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAF&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.3597&nbsp;&nbsp; -7.8438&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.2545<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1HAC&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCR6&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
14.0395&nbsp;&nbsp; -9.6867&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.0738<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1HAB&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCR6&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.8795&nbsp;&nbsp;-11.5269&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.3982<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1HAM&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCR6&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;15.6722&nbsp;&nbsp;-13.2611&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8.3626<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1HAQ&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCR6&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;13.6198&nbsp;&nbsp;-13.1509&nbsp;&nbsp; 10.0028
<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1HAR&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCR6&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;11.7797&nbsp;&nbsp;-11.3111&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9.6790<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1HAU&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HOH1&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;10.7354&nbsp;&nbsp; -5.5720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9.0154<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1HAF&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCH3&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.6140&nbsp;&nbsp; -7.6236&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;7.0041<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2HAF&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCH3&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
8.4797&nbsp;&nbsp; -6.9898&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5.6044<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3HAF&nbsp;&nbsp;H&nbsp;&nbsp; HCH3&nbsp;&nbsp;.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0439&nbsp;&nbsp; -8.6972&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5.6728<br>#<br>loop_<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_bond.comp_id<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_bond.atom_id_1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_bond.atom_id_2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_bond.type
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_bond.value_dist<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_bond.value_dist_esd<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.54271 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.54966 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.54858 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.54968 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.54248 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.54898 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.53182 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.49616 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.47827 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.43567 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.44556 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAU single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.40213 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE aromatic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.52286 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.53391 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAU single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 2HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>PHX&nbsp;&nbsp; 3HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF single&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08000 0.02<br>#<br>loop_<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_angle.comp_id
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_angle.atom_id_1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_angle.atom_id_2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_angle.atom_id_3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_angle.value_angle<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_angle.value_angle_esd<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120.00226 3.0
<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99926 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99532 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120.01025 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99792 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.98327
 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120.00300 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99851 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99846 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120.00313 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99800
 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99846 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99812 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.98303 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99886 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119.99302
 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120.01880 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;120.01881 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;125.92889 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;125.92913 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;108.02831
 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;108.01854 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;108.14161 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;107.85309 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;126.00891 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;125.96613
 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;107.94483 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.51845 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;126.13638 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;126.04431 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 1HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.48685
 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 2HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.48663 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 3HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.47785 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 2HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp; 1HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.46544 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 3HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp; 1HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.45527 3.0<br>PHX&nbsp;&nbsp; 3HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAF&nbsp;&nbsp; 2HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;109.45527
 3.0<br>#<br>loop_<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.comp_id<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.id<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.atom_id_1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.atom_id_2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.atom_id_3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.atom_id_4<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.value_angle
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.value_angle_esd<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;_chem_comp_tor.period<br>PHX CONST_01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.01362 0.0 0<br>PHX CONST_02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.18631 0.0 0<br>PHX CONST_03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.17134 0.0 0<br>PHX CONST_04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.00134 0.0 0<br>PHX CONST_05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.07140 0.0 0<br>PHX CONST_06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.10130 0.0 0<br>PHX CONST_07&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -
0.53152 0.0 0<br>PHX CONST_08&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.18961 0.0 0<br>PHX CONST_09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.87457 0.0 0<br>PHX CONST_10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.08244 0.0 0<br>PHX CONST_11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -
0.19123 0.0 0<br>PHX&nbsp;&nbsp; Var_01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90.70628 30.0 0<br>PHX&nbsp;&nbsp; Var_02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-89.54171 30.0 0<br>PHX&nbsp;&nbsp; Var_03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;NAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-89.72740 30.0 0<br>PHX&nbsp;&nbsp; Var_04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;OAS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CAR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
90.02460 30.0 0<br>#<br>loop_<br>_chem_comp_plane_atom.comp_id<br>_chem_comp_plane_atom.plane_id<br>_chem_comp_plane_atom.atom_id<br>_chem_comp_plane_atom.dist_esd<br>PHX plan-1&nbsp;&nbsp;CAC 0.020<br>PHX plan-1&nbsp;&nbsp;CAB 0.020<br>PHX plan-1&nbsp;&nbsp;CAM 
0.020<br>PHX plan-1&nbsp;&nbsp;CAQ 0.020<br>PHX plan-1&nbsp;&nbsp;CAR 0.020<br>PHX plan-1&nbsp;&nbsp;CAN 0.020<br>PHX plan-1 1HAC 0.050<br>PHX plan-1 1HAB 0.050<br>PHX plan-1 1HAM 0.050<br>PHX plan-1 1HAQ 0.050<br>PHX plan-1 1HAR 0.050<br>PHX plan-1&nbsp;&nbsp;CAO 
0.050<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;CAT 0.020<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;CAE 0.020<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;NAD 0.020<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;CAO 0.020<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;OAS 0.020<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;OAU 0.050<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;CAF 0.050<br>PHX plan-2&nbsp;&nbsp;CAN 0.050<br><br><br><br>
<br>Claudia Scotti<br>Dipartimento di Medicina Sperimentale<br>Sezione di Patologia Generale<br>Universita&#39; di Pavia<br>Piazza Botta, 10<br>27100 Pavia<br>Italia<br>Tel. 0039 0382 986335/8/1<br>Facs 0039 0382 303673 ----------------------------------------&gt; Date: Wed, 10 Oct 2007 07:03:34 -0700&gt; From: 
<a href="mailto:wgscott@chemistry.ucsc.edu">wgscott@chemistry.ucsc.edu</a>&gt; To: <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>&gt; CC: <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org
</a>&gt; Subject: Re: [phenixbb] &quot;Aromatic&quot; question&gt;&gt; Oh, the other thing I noticed, when I made 5-bromo-uracil (5BU), was that&gt; elbow.builder failed to put in planar restraints at the bottom of the cif&gt; file. I had to do this manually, or the ring looked puckered. Fortunately&gt; it was fairly easy to do:&gt;&gt; loop_&gt; _chem_comp_plane_atom.comp_id&gt; _chem_comp_plane_atom.plane_id&gt; _chem_comp_plane_atom.atom_id&gt; _chem_comp_plane_atom.dist_esd&gt; 5BU plan N1 
0.020&gt; 5BU plan C2 0.020&gt; 5BU plan O2 0.020&gt; 5BU plan N3 0.020&gt; 5BU plan C4 0.020&gt; 5BU plan O4 0.020&gt; 5BU plan C5 0.020&gt; 5BU plan C6 0.020&gt; 5BU plan C1* 0.020&gt; 5BU plan H3 0.020&gt; 5BU plan BR 
0.020&gt; 5BU plan H6 0.020&gt;&gt; This keeps the six membered ring and the exocyclic functional groups (two&gt; keto oxygens and one Br atom) constrained to a plane.&gt;&gt; Claudia Scotti wrote:&gt;&gt;&gt;&gt; Dear list,&gt;&gt;&gt;&gt; I&#39;ve refined a protein at 
2.0 A resolution with its ligand, a small&gt;&gt; molecule which includes a phenyl group. For this, I used elbow to generate&gt;&gt; the cif file, and in this file the atoms of the phenyl ring are correctly&gt;&gt; defined as &quot;aromatic&quot;. However, the pdb output of the refinement shows a&gt;&gt; boat configuration for the 6 carbon atoms ring, with a very nice fit to&gt;&gt; the electron density. This would suggest a flexible cyclohexyl-&gt;&gt; substituent instead of the expected, typically planar phenyl ring.&gt;&gt;&gt;&gt; As my chemistry is poor, I&#39;d really need some suggestions on where I&#39;m&gt;&gt; wrong: did I give the wrong cif file or does phenix recognise a better&gt;&gt; fitting in a boat structure, indicating that my ligand phenyl moiety has&gt;&gt; been reduced somehow to a cyclohexyl one? Or is the aromatic ring of the&gt;&gt; phenyl group not so planar as I&#39;ve supposed it to be until now?&gt;&gt;&gt;&gt; Any help would be very appreciated.&gt;&gt;&gt;&gt; Many many thanks,&gt;&gt;&gt;&gt; Claudia&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Claudia Scotti&gt;&gt; Dipartimento di Medicina Sperimental!
<br> e&gt;&gt; Sezi<br>one di Patologia Generale&gt;&gt; Universita&#39; di Pavia&gt;&gt; Piazza Botta, 10&gt;&gt; 27100 Pavia&gt;&gt; Italia&gt;&gt; Tel. 0039 0382 986335/8/1&gt;&gt; Facs 0039 0382 303673&gt;&gt;&gt;&gt; _________________________________________________________________&gt;&gt; Connect to the next generation of MSN Messenger &gt;&gt; 
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